Geneza wód mineralnych w Latoszynie sięga czasów, gdy południowa Polska wyglądała zupełnie inaczej niż dziś. Około 18 milionów lat temu obszar dzisiejszego zapadliska przedkarpackiego był częścią rozległego morza śródlądowego – morza Paratetydy, które okresowo łączyło się z wielkim oceanem Tetydy.
W ciepłym i suchym klimacie wody tego morza intensywnie parowały, co powodowało stopniowe zagęszczanie się soli mineralnych i ich osadzanie na dnie basenu. W północnej, płytszej części tego morza – w rejonie dzisiejszego Tarnobrzegu – powstawały osady siarczanowo-węglanowe, z których w późniejszych epokach utworzyły się znane złoża siarki. Z kolei w południowej części basenu, bliżej powstających Karpat, odkładały się osady bogate w gips i sól kamienną. To właśnie z tych utworów wywodzi się sól kamienna Wieliczki i Bochni oraz mineralny charakter wód występujących w Swoszowicach, Horyńcu czy właśnie w Latoszynie.
Z czasem morze ustąpiło, a jego dawne osady zostały przykryte młodszymi warstwami skał powstałych podczas wypiętrzania Karpat. Wody podziemne, krążąc przez miliony lat wśród tych skał, rozpuszczały zawarte w nich minerały i stopniowo ulegały mineralizacji. Dzięki temu powstały siarczanowo-wapniowe wody siarczkowe Latoszyna, których właściwości lecznicze są bezpośrednim dziedzictwem dawnego morza Paratetydy i długiej historii geologicznej tego regionu.